微生物菌肥和生物有機肥，除了含有豐富的腐殖酸、黃腐酸和氨基酸外，都內含有各種大量的有益微生物菌，它不僅能夠調理和改善土壤，防止土壤板結，平衡土壤的酸堿度，抑制惡性菌的泛濫，減少植物病蟲害的發生，而且還具有穩墑、提溫、增肥的功效。同時，微生物菌肥和生物有機肥對于氮磷鉀復合肥的增效作用，使得我們在秋施基肥中，必須做到有機（高含量的有機質），無機（大、中、微量元素），有益微生物菌（枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、膠凍芽孢桿菌、木霉菌、光合菌等）相結合，進行平衡施肥，全營養施肥。

一、對氮肥的增效作用

氮肥多以碳銨和尿素為主，銨態氮性質不穩定，極易揮發，與生物有機肥混合后，因生物有機肥含有羧基、酚羧基等官能團，有較強的離子交換能力和吸附能力，可以減少銨態氮的損失。酰胺態氮肥，所含氮素需經尿素細菌分泌的尿酶分解轉化為碳酸銨后才能被植物吸收。如果把酰胺態氮施入堿性土壤中，其分解時產生的碳銨也會因堿性造成揮發損失，這是酰胺態氮利用率不高的原因之一。酰胺態氮與生物有機肥相結合，對酰胺態氮有明顯的增效作用。一是仰制尿酶的活動，減緩酰胺態氮分解，減少揮發;二是可與酰胺態氮生成絡合物，逐漸分解釋放氮素，使酰胺態氮的肥效延長，同時生物有機肥的生物活性可促進植物根系發育和體內氮素代謝，促進氮的吸收。

二、對磷肥的增效作用

速效磷肥施入土壤，可溶性磷很容易被土壤固定，在酸性土壤中，磷主要被游離的鐵鋁離子固定;在堿性土壤中，磷主要被鈣固定，結果使速效磷轉化為遲效磷甚至無效磷，當季磷利用率只有10-20%。增施生物有機肥后，能仰制土壤對水溶性磷的固定，減緩速效磷向遲效、無效態轉化，漿解的有機質增加磷在土壤中的移動距離，促使根系對磷的吸收。

三、對鉀肥的增效作用

有機質含有官能團可以吸收儲存鉀離子，既可防止其在沙土及淋溶性土壤中隨水流失，又可防止粘性土壤的鉀的固定。有機質中的某些部分為黃腐酸等低分子腐植酸，對含鉀硅酸鹽、鉀長石等礦物有溶蝕作用，可以使其緩慢分解，增加鉀的釋放量，提高速效鉀的含量。

四、對微肥的增效作用